特殊能力は、主に移動中に効果があるもの(移動時の特殊能力)、戦闘中に効果があるもの(戦闘時の特殊能力)、 イベントに関わってくるもの(必要時の特殊能力)などに分けられます。
また、部隊のリーダーにしたときのみ効果があるリーダー特殊能力というものもあります。
これらの能力は、この能力を持つ者がリーダーであるときに効果を発揮し、 任務中に会話によって交渉を成立させたり、取引を有利に進めたりできます。
ただし、これらの能力を持っていてもその交渉自体が無効なときは成功しないので気をつけてください。
交渉の場面になると、選択肢が出るので時間内に選びます。 このときに時間制限のバーも出ますが、何かボタン入力することで時間をリセットすることができます。